自从“五将军密电”泄漏后，冯国璋与袁世凯的裂痕更无法掩饰。于是冯国璋—不做，二不休，决定对袁施加更大压力，以迫其将政权让予他。
为此，冯国璋于4月1日和16日公开致电北京政|府，劝袁及早退位。各省军阀纷纷效尤，亦先后通电劝袁世凯迅速退位，袁世凯不得不派亲信阮忠枢南下向冯国璋乞情。冯国璋在阮忠枢的请求下，答应联络各省，担任调停。5月18日，冯国璋邀集未独|立各省在南京召开代表会议。
冯国璋意图通过南京会议逼袁下台，由他取而代之。但由于倪嗣冲的破坏和各省区将军代表谋略不一，遂使南京会议夭折。冯弄巧成拙，被舆论斥责为：“与其名为解决袁氏地位之会议，毋宁名为解决自己地位之会议。”
给老袁最后一击的是他的心腹、四川督军陈宦的三封电报。这是陈宦的老师骆成骧便为陈宦代拟了三道讨伐袁世凯的电稿，骆并自信地说：“要气死国贼！”三道电报在1916年5月相继发出，前两道电文口气还比较温和，只是劝袁世凯退位而已，但第三道就让袁世凯气得暴跳如雷了：“自今日始，四川与袁氏个人断绝关系，袁氏在任一日，以其政|府名义处分川事者，川省皆视为无效。”袁世凯万万没想到，自己的心腹陈宦都会“反”了自己，气得大叫“人心大变”。
这一番折腾，老袁已经不支。等到病情急剧恶化、小便不畅后，在袁克定的坚持下，袁世凯才让法国医生贝希叶前来诊治，但此刻为时已晚。贝希叶建议袁世凯到医院去动手术，或许还有一线生机，但被袁世凯拒绝。在这种情况下，贝希叶只好在袁世凯卧室给他导尿，但此时导出来的全是血尿。袁世凯自知不起，便急忙让人把徐世昌和段祺瑞找来，并把总统大印交给徐世昌，说：“总统应该是黎宋卿(黎元洪的字)的，我就是好了，也准备回彰德去。”
6月5日，袁世凯一度休克昏迷。不过在清醒期间，他还是在案上遗书一封，上书：“为日本去一大敌！”不知是对自己一生的褒扬还是将来时局的预言。延至6月6日的凌晨6点，袁世凯终于一命归西，正应了骆成骧“要气死国贼”的话。
据说，袁世凯在6日凌晨昏厥复苏之后，对侍疾在侧的老友徐世昌低声说“杨度杨度，误我误我”；也有人说，袁世凯临终时说：“是他害了我！”袁世凯也没说这个“他”到底是谁，一般人都认为指的就是大公子袁克定。要说这复辟丑剧，袁克定还真要负一半的责任，他自己想做太子想疯了，结果是把老头子推到火上去烤，害得袁世凯一代枭雄，最后为这竖子所害，落得个可惜可笑又可叹的千古骂名，真是窝囊至极。袁克定这个人，不文不武，品不高，德不显，糊涂半生且不说，晚年还好男宠，结果因此而倾家荡产，潦倒而终。袁世凯有这样一个太子，又怎能不败？
由于袁世凯死的时候仍旧是在职的总统，因此黎元洪在继任总统后还以在职****的规格给他治丧。当时中|央政|府除了拨款五十万公款用于丧葬费用外，还通令文武机关下半旗、停止宴乐27天，民间娱乐也停7天；文武官员和驻京部队一律佩戴黑纱；设立“恭办丧礼处”，以曹汝霖、王揖唐、周自齐三人承办大典丧礼，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人总负责。
袁世凯的死因从根本上说是一生事业的屈辱性失败，从表象上看是因为他不信西医。“他致死的病症，是膀胱结石症，最初的病状是小便困难。这个时候，如果住院导尿或者开刀，是不会有生命危险的，但他一向坚信中医，从不肯找西医来诊视”。（袁静雪《我的父亲袁世凯》）等到最终无可奈何地请来西医，已经晚了。
袁世凯的丧仪从另一个侧面颇为有趣地象征着他的一生。“这个仪式是新、旧习俗，中西礼仪的大混合”，“进行仪式的喇嘛们，有的诵经，有的吹奏蒙古乐器，而现代的西洋乐队却在吹奏欧洲的葬礼进行曲”。这独具特色的一幕，恰到好处地说明了袁世凯一生的之所以成功和之所以失败。
也许可以这样假设， 如果袁世凯在1913年死去，他会作为一个进步人物被载入史册。不幸的是，他又多活了3年。正是在这3年里，他把自己从一个“一贯进步”的时代弄潮儿变成了开历史倒车的“窃国大盗”。
袁世凯死后，那些在护国战争中明里暗里反对他的袍泽故旧也纷纷“冰释前嫌”，或亲自或派随员赶到北京沉痛悼念老领导，所以袁世凯的葬礼也办得风风光光，备极哀荣。最可叹是那御干儿、原奉天将军段芝贵，他在得知袁世凯死讯后急忙从关外星夜兼程赶来，等到了新华宫灵前更是呼天抢地，涕泪涟涟，不知道的人还以为死的就是他亲爹(真是孝子！)。
早在二次革命后号称“北周（学熙）南张”并立的张謇与袁世凯就保持着距离，虽然他支持袁的威权政治，但称帝是张不能容忍的底线。后来张听到袁世凯去世的消息，非常惋惜，他在日记里写：“三十年更事之才，三千年未有之会，本可作第一流人，卒毁于群小之手”。在张謇的眼里，袁是能改变中国的人，若能执政三十年，中国必能崛起。
由于袁世凯的葬礼过于奢华，最后结算的时候发现入不敷出，政|府所拨的专款扣去葬礼费用后不足以建造墓地工程。为此，徐世昌、段祺瑞、王士珍等八人联名发起公启，请求社会各界人士解囊相助，最后又凑到25万元，才最终结束了袁世凯的丧事。
作为帝制的倡导人的杨度，在洪宪帝制一出台时便遭到全国上下的唾骂声讨，杨度在家乡被骂为汉奸，他先前的好友梁启超称其为“下贱无耻、蠕蠕而动的嬖人”。作为自清或是自抑，杨度写下挽袁联以明心志：
共和误民国，民国误共和；百世而后，再平是狱。
君宪负明公，明公负君宪；九泉之下，三复斯言。
然而无论如何，一代枭雄，却落得如此下场，岂不可悲可叹？不过按张汉卿的意思，却是“自作孽，不可活。”老了老了来这一手，难道真是人老糊涂了？看来后世屡屡强调废除干部终身制是真的非常有必要。如果真的那么一天，张汉卿也决定绝不恋栈，见好就收，至多搞个资政或是顾问委员会什么的，像新加坡李氏王朝一样，大场面上能过得去就行，在青史上留个高风亮节什么的，不亦快乐乎？这些人为什么偏偏看不开呐！
树倒猕猴散。老袁驾鹤西去，他的拥戴者必然要向天下有所交待，即著名的所谓“十三太保”。不过，因为接手北洋的仍然是那群人，所以在动作时不能不有肘胳膊。
西南诸公提出的名单就是十三太保，即“筹安六君子”和“七凶”朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽等人。但实际上助纣为虐的又岂止这13人？西南方面已经减少覆盖面了，以便于北方接受，但新任阁臣之首段祺瑞仍不接受，他根本就不愿惩治这些人，一则他与其中的不少人有血肉相连的关系，二则他虽不赞同逆流之举，但这些人死心塌地为袁效命的精神，却是维系北洋势力所必须的“传统”。他既继承的北洋团体的衣钵，袁之羽翼就是他的羽翼，所以不能不竭力为之开脱。
就在定夺这批名单时，袁克定打来急电替震震春、张镇芳乞情，冯国璋来电替段芝贵求情。因为他们也是有人马、有地盘的实力军阀，于是这三个名字就从名单是剔了出来；
李经羲则力保严复和刘师培“是不可多得的人才”，名单中又少了两个；
又有人向段祺瑞建议，为向南方示好，李燮和胡瑛也不应列名，因此这两位“墙头草”也逍遥法外了；袁乃宽是袁氏的族侄，所以也被段祺瑞从名单中勾掉了。
这样一来，“十三太保”只剩下“五太保”了。北洋军阀又不好再搪塞西南军阀，便又捡了与北洋团体关联较浅的顾鳌、夏寿田、薛大可三人，其实他们三个只是个“跑龙套”的角色。就这，张勋还通电公然反对，说“主张虽有不同，无非各抒己见，罪魁功首，岂能以成败为衡？”
在讨价还价后，终于发出了惩办“祸首”的通缉令：“始祸请人，实尸其咎。杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可，均著拿交法庭，详确讯著名鞫，严行惩办，为后世诫，其余一概宽免。”
可是即便下了通缉令，北洋军阀也不是真心要通缉这些人。早在通缉令下发前，中枢就通过各种途径，暗示榜上有名的人从速离开京畿。不久，杨度、孙毓筠、梁士诒等由北京搬到了天津租界，还有人被张勋召往徐州礼为上宾。其他不在名单上的参与者，因通缉令上有“其余一概宽免”的字样，仍然高枕无忧。所以说冠冕堂皇的通缉令，不过徒具形式，只是掩人耳目罢了。
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